ついで VRC1 のように 7400 を追加したら直るのかというご質問もありましたがこれはたぶん改善しません。
mapper69 は FME-7/Sunsoft-5A/Sunsoft-5B がひとまとめにされています。さらに virtuanes のソースを見るとなぜかチェックサムを見て個別にごまかしている記述があります。こういった場合は3つのICが本当に一緒の機能を持つのかという疑いをかけた方がよいことがわかっています*1。
最近では mapper 16 の FCG-1/FCG-2 と LZ93D50 (FCG-3) は別物ということがありました。
その次に CPU $6000-$7fff を ROM に割り当てることが出来るらしいです。本当にそれを使ってるのかの確認をした後で、 flash に接続するアドレスデコーダを作り直さないといけません。
*1:音源機能の有無だけはわかってます
